Việc xuất hóa đơn đối với doanh thu đã kê khai, nộp thuế nhưng chưa lập hóa đơn trước thời điểm sáp nhập đơn vị được hướng dẫn tại Công văn 7713/TNI-QLDN3 năm 2026 như sau:
Căn cứ khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp như sau:
Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế
…
Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các nghĩa vụ có liên quan đến hồ sơ thuế trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã:
…
b) Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã bị tách, bị hợp nhất, bị sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các nghĩa vụ có liên quan đến hồ sơ thuế trước khi tách, hợp nhất, sáp nhập. Trường hợp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã bị tách và doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã được tách; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hợp nhất; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế;
…
Bên cạnh đó, khoản 1 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định về nguyên tắc lập, quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ điện tử như sau:
Nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn, chứng từ điện tử
Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử để giao cho người mua (bao gồm cả các trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động và tiêu dùng nội bộ; xuất hàng hóa dưới các hình thức cho vay, cho mượn) và các trường hợp lập hóa đơn theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính, trừ các trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Điều 7 Nghị định này.
Hóa đơn điện tử phải theo định dạng chuẩn dữ liệu và phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán và quy định tại Điều 10 Nghị định này, bảo đảm phản ánh đầy đủ, trung thực nội dung nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Người bán chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của hóa đơn đã lập.
…
Căn cứ các quy định trên, việc xuất hóa đơn đối với doanh thu đã kê khai nhưng chưa xuất hóa đơn trước khi sáp nhập được hướng dẫn như sau:
– Về trách nhiệm kế thừa nghĩa vụ thuế: Trường hợp Trung tâm Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng huyện Bến Lức đã sáp nhập với Trung tâm Phát triển quỹ đất thì Trung tâm Phát triển quỹ đất có trách nhiệm kế thừa các quyền lợi và thực hiện các nghĩa vụ về thuế của đơn vị trước khi sáp nhập theo quy định.
– Về nguyên tắc lập hóa đơn: Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán có trách nhiệm lập hóa đơn điện tử để giao cho người mua theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, trừ các trường hợp được pháp luật quy định không phải sử dụng hóa đơn điện tử.
– Về việc xuất hóa đơn đối với doanh thu đã kê khai: Trường hợp các hợp đồng cung cấp dịch vụ của Trung tâm Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng huyện Bến Lức đã được kê khai thuế GTGT, thuế TNDN và ghi nhận doanh thu trên báo cáo tài chính nhưng chưa xuất hóa đơn cho khách hàng, thì Trung tâm Phát triển quỹ đất có trách nhiệm lập hóa đơn đối với phần doanh thu này.
Đồng thời, đối với số doanh thu đã được kê khai, nộp thuế trước đó, Trung tâm Phát triển quỹ đất không phải kê khai và tính lại thuế GTGT, thuế TNDN khi thực hiện lập hóa đơn.
Như vậy, đối với doanh thu phát sinh từ các hợp đồng cung cấp dịch vụ đã được đơn vị trước khi sáp nhập kê khai, nộp thuế và ghi nhận trên báo cáo tài chính nhưng chưa xuất hóa đơn, đơn vị nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa nghĩa vụ và thực hiện lập hóa đơn để giao cho khách hàng. Việc lập hóa đơn trong trường hợp này không làm phát sinh nghĩa vụ kê khai, tính lại thuế GTGT và thuế TNDN đối với khoản doanh thu đã kê khai, nộp thuế trước đó.
